제주지역 그리스도의 교회 역사는 1950년대 초로 거슬러 올라간다. 1951년 김광수, 정히건, 김진영 등이 6.25전쟁 때 부산으로 피신하였다가 제주도로 오면서, 2월경 제주시 삼도리 해변가에 제주그리스도의 교회를 개척한 바 있었지만 안타깝게도 오래 지속되지 못했다.

현재까지 제주지역에 남아 있는 교회들이 세워진 것은 그리스도의교회 선교회 파수리 전도자(선교사)가 복음 전도팀을 구성하여 제주 캠페인을 벌인 결과로 온평교회(1971), 시흥교회(1971), 평대교회(1973), 영락교회(1974), 가마교회(1975) 등이 세워지면서부터이다. 그 외에도 1970년대에 삼달교회, 종달교회 등 10여개의 교회가 더 세워졌지만, 현재 남아 있지 않다.

제주중앙교회가 세워진 것은 그로부터 약 20년이 지난 1990년 10월 7일이다. 농어촌 지역의 그리스도의교회에서 신앙생활 하던 성도들이 진학, 취업 등의 이유로 시 지역으로 이주하면서 제주시에 그리스도의교회를 설립해야 할 필요성이 제기되었고, 이를 위해 각 교회와 교역자들이 오랫동안 기도하고 있었다. 당시 온평 그리스도의교회 출신 학생들과 청년 중 일부는 불가피하게 한 장로교회(한신교회)의 집회에 참석한 후, 가정에서 따로 모여 주의 만찬을 기념하는 방식으로 신앙을 지켜나가고 있었다고 한다. 제주도의 도청소재지인 제주시 교회 개척이라는 제주지역 그리스도의교회들의 숙원사업이 구체화된 것은 1990년 10월 7일 오후 4시에 제주시 소재 호박 다방(당시 제주 의료원 입구)에서 첫 번째 모임을 가지면서이다. 당시 제주지역 그리스도의교회 교역자인 이종배(시흥), 이길운(가마), 임학균(온평)과 현재보(온평), 현재창(온평), 현행순(시흥), 박향숙(온평), 현명월(온평), 송진선(온평) 등의 성도가 참석하여 제주시에 그리스도의 교회를 세우기로 계획했고, 1990년 10월 14일부터 매 주일 오후에 예배모임을 갖고, 이종배, 이길운, 임학균 세 명의 전도자가 교대로 말씀을 전하기로 한다. 또한 별도의 예배당이 준비될 때까지 당분간 현행순 자매가 운영하는 미용실에서 모임을 갖기로 하였다. 1990년 10월 14일, 드디어 계획대로 제주시 일도2동 991-61(현행순 자매 미용실)에서 첫 예배를 드리게 된다.

당시 개척예배에 참여했던 이들의 명단은 다음과 같다. 이종배, 김영삼, 현행순, 현춘선, 이길운, 임학균, 현재보, 강복희, 현재창, 박향숙, 송진선, 현명월, 박용덕, 현순복, 송병탁, 강기봉이며, 마침 제주도를 방문 중이던 미국 멤피스 교회의 문병하 전도자 내외도 그 자리에 함께 참석하였다. 이후, 이종관, 신경미, 현일숙, 김현기, 최영석, 송철수 등이 교회에 합류하였다. 이후 1991년 12월 15일에는 가칭 ‘제주그리스도의교회 건축추진위원회’ 발족하여 김영삼, 현재보 형제가 공동위원장을 맡고, 이종배, 이길운, 임학균 전도자가 동참하기로 하였다.

이종배, 이길운, 임학균 세 전도자가 차례대로 인도하던 예배모임은 1993년 2월 24일, 김관평 전도자를 초빙하기까지 계속되었다. 그리고 마침내, 김관평 전도자와 성도들은 제주시 일도2동 993-2번지(제주 동초등학교 앞)에 반지하 25평을 임차하여 교회명칭을 "제주 중앙 그리스도의교회"로 명명하고, 1993년 4월 5일, 전도자 취임식을 하게 된다. 김관평 전도자는 부산중앙교회 원로전도자로서 안정된 노년을 보낼 수 있었음에도, 제주도의 신생교회를 위하여 기꺼이 제주중앙교회의 초대 전도자로 부임하였다.

1994년에는 각각 효창교회, 가마교회에서 신앙생활하던 유청, 곽해규 형제가 합류하여 함께 예배를 드리게 된다. 당시 매 주일마다, 오전예배와 저녁 성경공부 시간이 있었으며, 수요일과 금요일에는 기도회 모임을 가졌다. 주일학교는 어린이, 중고등부, 청년부로 나누어 운영하였으며 매일 성경 한 장 읽기를 실천하였다. 11월 27일에는 이덕규 형제가 침례를 받고 교회에 등록하여 함께 신앙생활을 하게 되었고, 12월을 ‘특별전도의 달’로 정하여 전도에 더욱 열심을 내기도 하였다. 당시 예배처소를 월세로 임차하여 사용하고 있었는데, 1995년부터 전세로 전환하기로 작정하고 기도와 건축연보를 시작했으며, 부산중앙교회와 서면교회에도 도움을 요청하였다.

1995년 1월 8일에는 곽해규 형제가 전도자로 임명받아 김관평 전도자와 협력하여 사역하게 되었으며, 12월 11일부터 매일저녁 7-8시 사이에 성경공부를 개설하여 성경연구에 집중한다. 당시 제주지역의 교회들은 연합예배, 연합체육대회, 교역자모임, 교역자 기도회, 교사강습회 등의 연합 모임들이 활성화되어 있었고 제주중앙교회는 이들 모임에 적극적으로 참여하였다.

1995년 1월 23일, 제주중앙교회는 제주시 이도2동, 1078번지 건물 2층(93.15㎡)을 임차하여 예배처소를 이전한다. 1997년 10월 12일 곽해규 전도자가 사임하고 서귀포시에 교회를 개척한다. 1997년 10월 16일, 제2대 서재환 전도자가 부임하고, 1998년 10월 25일, 김관평 전도자가 사임하고, 서귀포 교회로 떠난다.

서재환 전도자는 성경공부와 사회봉사활동 및 성도들의 교제에 역점을 두고 교회를 인도했으며, 2000년 1월 5일에는 동일건물 3층으로 예배처소를 이전 임차하였다.

2001년 8월 29일, 서재환 전도자가 일신상의 사유로 사임하게 되면서, 전도자가 공석상태가 1년6개월간 지속되었다. 오랜 기다림 끝에 2003년 2월 25일, 신용문 전도자가 부임하여 2003년 4월 5일, 창립 10주년 기념 및 제3대 신용문 전도자 취임식을 가진다.

제주중앙그리스도교회 성도들은 오래 전부터 건물을 임대하여 월세 혹은 연세로 사용하는 것에 대하여 한계를 느끼고 있었고, 예배당 건축을 위하여 기도하고 있었지만, 작은 규모의 교회로서는 부지매입비용과 건축비용을 마련하기가 쉽지 않았다. 이에 신용문 전도자와 성도들은 2005년 11월 1일부터 21일 금식기도를 하며, 건축연보를 작정하였고, 부지 매입과 교회 건물 건축을 위하여 안정된 예배 처소를 포기하고 이종관 형제와 현재창 형제의 가정에서 3년6개월여 동안 예배와 집회를 갖는 불편함을 감내했다.

오랜 기도와 헌신 끝에 지금의 제주시 화북1동 1941-11번지(진동로12)에 예배당과 사택을 건축하고 입당예배 및 집사임직(현재창/이종관)예배를 드린 것은 2009년 10월 18일(주일)이었다. 많지 않은 성도들의 큰 헌신과, 외부 교회와 성도들의 아낌없는 후원에 힘입어 건축이 이루어졌다는 점에서, 그리고 보다 안정된 새로운 예배처소에서 예배를 드리며, 전도사역을 수행할 수 있게 되었다는 점에서 예배당과 사택 및 교육관 건축은 제주중앙교회의 역사에 있어서 그 의의가 크다고 할 수 있다.

2010년 12월, 신용문 전도자가 울산강남교회의 청빙을 수락함에 따라, 전도자직을 사임하고 새로운 전도자가 부임하기까지 약 8개월간 기다림의 시간이 있었다. 그 동안 예배를 인도하고 교회의 다양한 사역을 수행하기 위하여 현재창, 이종관 두 집사와 더불어 성도들의 자발적인 헌신과 수고가 있었다.

2011년 8월 21일 마침내 함동수 전도자가 제4대 전도자로 부임하게 된다. 부임 직후 함동수 전도자와 성도들이 역점을 두고, 집중한 부분은 복음전도와 사회봉사 분야다. 함전도자는 미국유학 경험과 영어공부방을 운영했던 경험을 살려, 화북지역에서 무료영어교실, 영어노래교실을 열기도 하고, 제주에 있는 영국계 국제학교의 현직교사와 함께 프로그램을 진행하기도 했는데, 예상보다 무료프로그램에 대한 부모와 학생들의 신뢰도 낮고, 교회가 운영하는 프로그램이라는 선입견 때문에 많은 호응을 얻지는 못했다.

매년 말, 지역사회에 다가가기 위하여 가호를 방문해 전도지와 함께, 전도용품, 롤케익, 잡곡 등을 마을 사람들과 노인정에 나누어 드리는 사역을 수행하기도 했다. 그러나 노방 전도나, 가호 방문 전도는 교회나 기독교에 대한 인식이 부정적인 상황에서는 역효과를 낳거나 교회에 대한 경계심만 가중시킬 수 있어 부임 초기부터 현재까지, 한 달에 두 차례 교회 인근 등산로 및 올레길 입구에서 등산객들에게 차를 대접하며, 전도용품을 배포하고 동시에 주변 및 등산로 청소를 함으로써 교회에 대한 인식을 긍정적으로 변화시키는 봉사활동에 수행하고 있다. 섬김과 봉사사역은 복음의 씨를 뿌리기 전에 좋은 땅을 준비하는 일이라고 믿고, 비록 즉각적인 결과가 나타나지는 않지만 그 결과를 하나님께 맡기는 것이다.

이는 조급한 전도방법을 사용하여 양적성장을 추구하기 보다는 성숙된 그리스도인의 삶의 모습을 보여주며 지역사회에 깊이 스며드는 것이 중요하다는 인식에서 나온 것이다. 그러므로 제주중앙교회는 서두르지 않고 차근차근 교회의 내적성장과 더불어 제주도 복음화, 세계복음화에 기여하는 작지만 내실 있는 교회가 되기를 소망한다. 그것이, 비록 재정이 충분하지 않지만, 국내의 교회 한 곳과 해외 선교지 한곳을 선정하여 후원하고 있는 이유이다.

제주중앙교회는 가능한 한 모든 성도와 학생들이 예배와 각종 프로그램에 직접 참여하여 봉사하고 섬길 수 있도록 기회를 제공하고 있다. 예배시간은 소극적으로 무엇인가를 얻으려는 시간이 아니라, 적극적, 자발적으로 하나님께 드리는 예배가 되어야 한다는 확신을 가지고, 예배찬송의 활성화를 위하여 매주, 점심식사 후에 아카펠라 찬송 연습을 하고 있다. 또한 매주 금요일 마다 교회에서 혹은 가정에서 기도하고 있고, 매년 11월에는 21일동안 연속기도회를 하고 있으며, 가정의 신앙증진과 화목을 위하여 가정예배 및 기도회를 권장하고 있다. 더불어 하나님의 말씀인 성경에 더 가까이 나아가기 위하여 일년에 두 차례 책을 정하여 한 달 동안 통독하고 필사하는 행사가 있으며, 통독이 끝난 후에는 성경퀴즈를 통하여 읽은 내용을 복습할 수 있는 기회를 만들고 있다.

제주중앙교회는 또한 제주지역의 여러 그리스도의교회들과 협력하여 다양한 사업과 행사에 참여하고 있는데, 한마음 체육대회 및 교회 개척을 위한 바자회 개최, 노후된 교회건물 보수 및 도색, 여름성경캠프 개최, 연합찬양집회 개최, 연합사경회 및 특강 개최, 제주국제성경연구원 운영 등이다. 2013년부터 시작된 제주국제성경원구원은 2019년까지 10여명이 매주 화요일 저녁마다 본 교회 예배당에 모여서 2시간동안 성경 및 교회와 관련된 과목들을 공부하고 있으며, 매월 6-7월에 개최되는 연합사경회는 미국 프리드하드만 대학의 교수 및 미국 그리스도의교회 사역자들이 2014년부터 2019년까지 6년째 제주도를 방문하여 본 교회 예배당에서 다양한 주제로 사경회와 특강을 인도하고 있다.

현재, 제주중앙교회가 꿈꾸며 지향하는 교회의 모습은 크게 세 가지로 요약할 수 있다. 첫째, 신약교회의 회복을 꿈꾸는 교회, 둘째, 하나님을 사랑하고 이웃을 사랑하는 교회, 셋째, 복음전도의 사명을 감당하는 교회다. 제주중앙교회가 추구하는 건강한 교회는 모든 성도가 영적으로 성숙하여 서로 하나님의 말씀으로 격려하고, 권면하는 교회이며, 서로를 위하여 진심으로 기도하고 거룩한 사랑을 나누는 주체적인 회중 중심의 교회이다. 이러한 비전하에, 2020년까지 주의 일에 더욱 힘쓰되, 모이기를 힘쓰고, 말씀전파에 힘쓰고, 구하기를 힘쓰고, 섬기기를 힘쓰는 교회가 된다는 목표를 세우고 예배와 교육, 교제와 봉사, 전도사역에 힘쓰고 있다.